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實驗室內部布局分為試劑準備區、樣本制備區、擴增產物分析區三個主分區和洗消室。每個分區都獨立配有緩沖間。緩沖間內可用于衣物更換和手部清潔。緩沖間采用電子互鎖門設計，有效保證分區內部壓強和醫護人員防護。各分區及緩沖間采用階梯式壓差設計以避免病毒泄露。每個分區與鄰區間采用傳遞窗傳遞試劑和樣本等物品。并且傳遞窗具有互鎖和消殺功能，有效避免各分區間相互污染。實驗室內部還配備一體式可視化控制系統，集成了燈光、空調新風、負壓系統和消殺等調節和控制功能，并且能夠實時監控各區負壓和正壓狀態。

內部走廊:三區醫廢符合國標的相關要求，設置專用內部走廊，將三區醫廢運送到洗消間高壓滅菌處理。

試劑準備區:負責試劑準備及配制RT-PCR反應液。內有一臺超凈工作臺和醫用冰箱，醫生在里邊進行準備試劑，準備完試劑之后，由后面傳遞窗，傳遞到標本處理間進行下步處理。

標本制備區:負責接收樣本并進行RNA提取和RT-PCR檢測反應體系配置。準備完試劑之后，由后面樣本傳遞窗。傳遞到樣本處理間。醫生在這里進行試驗。本區配有生物安全柜，可以選裝為單人操作款或雙人操作款。桌子上可以擺兩至三臺96通道核酸提取儀。還可以放置振蕩器。離心機等做實驗的輔助設備，可以滿足兩到三個人在里面做實驗。

擴增分析區:進行RT-PCR檢測。對核酸樣本進行擴增分析，得出核酸檢測結果。主要設備為PCR擴增分析儀器。可以根據需要配置三到九臺。